Сюжет вращается вокруг работодателей Фишера из "Третьего эшелона" и его "радистки Кэт" Анны Гримсдоттир. Последняя попала в беду и требует спасения, а первый подставил Сэмиуса, подсунув ложные разведданные и неправильное обмундирование. Супероперативнику становится понятно, что где-то внутри агенства завелась "крыса"... В самом начале игры неизменный главгерой серии, Сэм Фишер, получает сигнал С.О.С. от своей старой подруги и координатора Третьего Эшелона - Анны Гримсдоттир. "Трехглазый" агент незамедлительно возвращается в агентство и понимает, что 3Е - уже не такой, каким он был раньше. Боссы организации постоянно собачатся друг с другом, а контроль над структурой постепенно отходит в руки правительства. Да и самого Сэма там не очень-то рады видеть. Уже в самом первом задании ему подсовывают ложную информацию и выдают непригодное для выполнения операции обмундирование.
